Fundo proveniente do antigo Convento de Nossa Senhora de Jesus, composto por 980 volumes manuscritos da biblioteca dos frades da Ordem Terceira de S. Francisco, e documentos do cartório do Convento, poucos, porque a maior parte desta documentação se encontra no Arquivo Nacional da Torre do Tombo. As temáticas são variadas e constituem uma importante fonte histórica: capítulos de Cortes, Teologia, Direito Canónico, correspondência diplomática, miscelâneas literárias, epistolários, sermões, itinerários de viagem, textos sobre a história colonial, abundantes dados sobre igrejas e conventos, e alguns códices árabes. Destacamos: Corão (séc. XIV –XV ?), Kibtãb al-Hawi de Muhammad ibn Zakariyyã al-Rãzt, Curiosidade de Fr. Vicente Salgado (séc. XVIII)